Né des batailles navales d'Assassin's Creed IV: Black Flag et annoncé en 2017, Skull and Bones est sorti après six reports. Le joueur y incarne un naufragé qui se hisse de capitaine d'esquif à seigneur des pirates dans un océan Indien fantasmé de la fin du XVIIe siècle, entre la côte africaine et les Indes orientales, en pillant les convois des compagnies marchandes.

Le jeu se joue entièrement en mer et dans les comptoirs : construction et équipement de navires, contrats, contrebande, commerce de ressources et chasse aux bêtes marines, seul ou en groupe de trois, avec des zones de JcJ. Suivi en saisons depuis sa sortie, il a reçu de nouvelles classes de navires, des boss de mer et un système de manufactures.