Logan pensait en avoir fini avec son identité de Wolverine, mais le passé n'en avait pas fini avec lui. Trois ans après avoir quitté son équipe, Wolverine réintègre la Team X, une unité d'intervention mutante qui se trouve dans une situation dramatique.

Convaincu de la supériorité de la race humaine, Bolivar Trask a commencé à kidnapper des mutants, et seul Wolverine peut les sauver.

Wolverine doit alors faire équipe avec d'autres mutants pour défendre le futur dans différents pays, dont le Canada, le Japon et la nation insulaire de Madripoor, imaginée par Marvel. Le sort des humains et des mutants étant en jeu, Logan sait que le monde a besoin d'un héros. Néanmoins, le monde devra se contenter de Wolverine.